Das Reaktor-Design umfasst die physikalische Konstruktion des Behälters, in dem die katalytische Reaktion stattfindet. Es muss sicherstellen, dass das Abgas den Katalysator gleichmäßig durchströmt, um lokale Überhitzungen (Hotspots) oder „tote Zonen“ ohne Reinigungswirkung zu vermeiden. Wichtige Faktoren sind die Strömungsführung, die thermische Isolierung zur Minimierung von Wärmeverlusten und die einfache Zugänglichkeit für Wartungsarbeiten (z. B. durch Schubladensysteme für die Katalysatormodule). Ein robustes Design aus hochwertigem Edelstahl verhindert zudem Korrosion, die durch aggressive Bestandteile im Abgas entstehen könnte. Das Engineering des Reaktors ist entscheidend dafür, wie kompakt die Anlage gebaut werden kann und wie flexibel sie auf Schwankungen der Abgasmenge reagiert.