Der Abgasgegendruck ist der Widerstand, den der Katalysator und die Filterstufen dem Luftstrom entgegensetzen. Ein hoher Gegendruck erfordert eine höhere Leistung der Ventilatoren, was den Stromverbrauch der Anlage steigert. Die Optimierung des Druckverlusts ist daher ein zentrales Ziel beim Anlagendesign. Wabenkörper weisen bauartbedingt einen sehr geringen Druckverlust auf, während Schüttgutkatalysatoren einen höheren Widerstand bieten. Ein ansteigender Gegendruck im laufenden Betrieb ist oft ein Warnsignal für eine Verschmutzung der Filter oder des Katalysators. In der Effizienzrechnung wird der Gegendruck als indirekter Betriebskostenfaktor berücksichtigt, weshalb großflächige Katalysatorbetten trotz höherer Investitionskosten oft langfristig günstiger sind.