Stickoxide (vor allem NO und NO2​) entstehen primär bei hocheffizienten Verbrennungsprozessen unter hohen Temperaturen, wie sie in Gasmotoren von Biogasanlagen auftreten. Zur Minderung dieser Schadstoffe wird häufig das Verfahren der Selektiven Katalytischen Reduktion (SCR) eingesetzt. Im Gegensatz zur Oxidation von Kohlenwasserstoffen wird beim SCR-Verfahren ein Reduktionsmittel – üblicherweise eine wässrige Harnstofflösung – in den Abgasstrom eingedüst. Am SCR-Katalysator reagieren die Stickoxide mit dem aus dem Harnstoff entstehenden Ammoniak zu harmlosem Stickstoff (N2​) und Wasserdampf. Die technische Komplexität besteht in der exakten Dosierung des Reduktionsmittels in Abhängigkeit von der Motorlast und der Abgastemperatur, um einen „Ammoniak-Schlupf“ (Austritt von ungereinigtem Ammoniak) zu vermeiden. Moderne Reinigungssysteme kombinieren oft eine Oxidationsstufe zur VOC-Minderung mit einer nachgeschalteten SCR-Stufe zur Stickoxidreduktion. Diese Kombination ermöglicht die Einhaltung umfassender Emissionsvorgaben wie der 44. BImSchV und trägt wesentlich zum Schutz der Umwelt vor saurem Regen und Ozonbildung bei.